Área que engloba a Bacteriologia, Parasitologia, Micologia e Virologia.
A Microbiologia permite a deteção, identificação e quantificação dos micro-organismos patogénicos nos diferentes produtos biológicos (urina, fezes, expetoração, exsudados, etc.).
No Laboratório são realizados inúmeros procedimentos nesta área, utilizando para tal um conjunto de técnicas manuais e automatizadas, muito diversificadas.